Apollon Tapınağı'nın planı çeşitli yönlerden sıra dışı, hatta benzersizdir. İon düzeninde ki yapı "dekastylos dipteros " plan gösterir, yani kısa yanlarda on sütun içeren iki sütun dizisiyle çevrilmiştir. Ön avlu niteliğindeki pronaosta oniki sütun daha vardır. Böylece toplam sütun sayısı 120 olmaktadır. Pronaosla kutsal bölüm arasında içinde iki sütun bulunan bir ön oda vardır. Bu ön odaya başka tapınaklarda rastlanmamaktadır.Ön odadan üç kapı naosa inen basamaklara açılmaktadır. Naos : Kült heykelinin bulunduğu kutsal alandır. Yapı dev boyutları yüzünden hiçbir zaman çatı ile örtülememiştir. Pronaosun iki yanındaki eğimli birer dehliz, pronaoso , naosa bağlar. Buda eşine rastlanmayan bir düzenlemedir. Yunan tapınaklarında kült ( tapınma ) heykeli genelde naosun arka duvarına yakın bir yerde konumlanır fakat Apollon tapınağının üstü açık olması sebebiyle naosun ortasında , apollon heykeli için ion düzeninde küçük bir tapınak( naiskos ) yapılmıştır. Bilicilik pınarının yalnızca temelleri günümüze erişen naiskosun içindedir. Tapınağın bir başka sıra dışı özelliği ise ön odanın iki yanında yer alan ve naos duvarlarının üzerine ulaşan merdivenlerdir. Tapınak zengin bir motif çeşidine sahiptir.Bu motifleri fotoğraf galerimizde görebilirsiniz. Özellikle Medusa kabartması benzerlerinden çok daha güzel ve etkileyicidir.